Hnattræn mengun er sú mengun sem berst á milli landa oft langt að. Hlutverk Umhverfisstofnunar í slíkum málum felst fyrst og fremst í eftirfarandi viðfangsefnum: 1) Varnir gegn mengun hafsins 2) Stuðla að minni útblæstri gróðurhúsalofttegunda sem valda loftslagsbreytingum 3) Verndun ósonlagsins með takmörkun á notkun ósoneyðandi efna 4) Alþjóðlegt samstarf til að meta magn og gerð loftmengunarefna sem berast til Íslands erlendis frá 5) Verndun heimskautasvæðanna.